El matemático se decidió enfocarse en encontrar objetivos dentro del virus SARS-CoV-2 para que con nuevos fármacos ataquen. Estrada sabía que la principal proteasa del virus es una enzima encargada del procesamiento proteolítico de las poliproteínas, es un objetivo excelente.
Diversos científicos e investigadores han estudiado modelos epidemiológicos para predecir la propagación del Covid-19.
Ernesto Estrada indicó en la revista “Chaos” que él y sus colegas cuando descubrieron un aumento drástico en la sensibilidad de la proteasa principal del SARS-Cov-2 a pequeñas perturbaciones, señaló que esto les hizo sospechar que los inhibidores tiene un papel que desempeñar en cómo matar al virus.
El matemático dijo que los químicos ya habían encontrado algunos inhibidores potentes de la proteasa principal del SARS-CoV-2.
Los inhibidores son moléculas orgánicas, medicamentos o nuevos compuestos químicos que se unen al sitio de unión de una proteasa para inhibir su trabajo, por lo que el virus morirá sin una enzima proteolítica que trabaje para él.
“Me di cuenta de que los químicos ya habían encontrado algunos inhibidores potentes de la proteasa principal del SARS-CoV-2, y que habían resuelto la estructura de esta proteína a través de la cristalografía de rayos X --recuerda--. Fue impactante ver que esta proteasa es muy similar a la del coronavirus SARS, que produjo la epidemia de 2003, SARS-CoV-1"
Además indicó que si se alinean “las secuencias de aminoácidos de ambas proteasas, solo hay 12 de 306 residuos que no coinciden”.
El matemático explicó que se llaman redes de residuos de proteínas, donde se representa a cada aminoácido como un nodo.
“Se llaman redes de residuos de proteínas, donde representamos a cada aminoácido como un nodo, y la interacción entre dos aminoácidos está representada por un enlace entre los dos".
Su grupo y él encontraron varias estructuras de la proteasa principal de SARS-Cov-1 y SARS- CoV-2 que estaban limpias, significando que no contienen mutaciones, ligandos o solventes dentro de sus estructuras.
“Esto significa que cuando una proteína es perturbada, por ejemplo por el agua dentro del ambiente intracelular, tales perturbaciones se transmiten a través de una red de intraresiduos que forman la estructura 3D de la proteína --apunta--. Si dicha perturbación se produce alrededor de un aminoácido dado dentro de la proteasa del SARS-CoV-1, se transmite solo a través de un entorno cercano alrededor de ese aminoácido perturbado", detalló.
La proteasa del SARS-CoV-2 dijo que es mucho más efectiva dentro de las comunicaciones intraresiduales.
“Es notable, porque significa que con pequeñas diferencias estructurales, la proteasa del SARS-CoV2 es mucho más efectiva dentro de las comunicaciones intraresiduales. Debería ser mucho más efectivo para hacer su trabajo como enzima proteolítica del virus. Esta gran sensibilidad de la proteasa del SARS-CoV-2 a las perturbaciones puede ser el talón de Aquiles en relación con los inhibidores", dijo.
